设立河仁社会慈善学院理事会，成员主要来自于南京大学、河仁慈善基金会、福耀玻璃工业集团股份有限公司。理事会闭会期间，由河仁社会慈善学院院长负责主持河仁社会慈善学院的日常工作。
为了更好的代理基金会的委托事项，推动基金会的项目运作和学院自身的发展，南京大学河仁社会慈善学院组建由曹德旺先生担任学院的理事长，南京大学校长陈骏教授任副理事长的理事会。就日常管理而言，目前已形成由全国教学名师、长江学者周晓虹教授任院长，另有三名精干人员任副院长的一级管理团队。就公益研究项目的管理团队而言，学院已设立“研究与咨询部”，由学院院长直接领导，一名副院长负责日常管理，两名项目官员和多名研究助理协助实施的管理团队。
南京大学河仁社会慈善学院依托于南京大学社会学院师资力量展开研究工作。南京大学社会学相关学科经过20多年的恢复与重建，目前学科排名全国第三。南京大学河仁社会慈善学院暨社会学院现有教师43人，其中教授15人（博士生导师10人），副教授13人，讲师15人；学院所有教师都具有博士学位，其中有16位分别毕业于美国、英国、德国、日本及香港等海外著名大学，并有4位外籍教授，学院有长江学者1人，教育部全国教育名师1名。此外，学院还聘用了多名专职研究人员和博士后。
